Государственный проектно-изыскательский институт «Днепрогипротранс» был создан в 1931 году на базе проектной конторы ЦП НКПС и именовался в то время Днепропетровским отделением института «Гипротранс». В 1998 г. Государственный проектно-изыскательский институт «Днепрогипротранс» преобразован в ОДО «Институт Днепрогипротранс».
В течение первых десяти лет своего существования, когда в масштабах страны решались задачи ускоренной индустриализации и укрепления обороноспособности, институт выполнял работы по увеличению пропускной и провозной способности железных дорог, строительству новых железнодорожных линий и вторых путей. Сотрудники института проектировали железные дороги, здания и транспортные сооружения в Украине, Беларуси, России, Молдове, Болгарии, Казахстане, Туркменистане, Гвинее, Ливии и других странах мира..
В годы Великой Отечественной войны институт был эвакуирован на восток, где были организованы и работали проектно-изыскательские экспедиции: Астраханская, Гурьевская, Орская (впоследствии Орско-Чкаловская) и Джамбульская. В тот период коллектив института выполнял проектирование железнодорожных коммуникаций в районах Нижнего Поволжья и Прикаспийских степей, необходимость которых диктовалась требованиями военного времени.

В кратчайшие сроки были разработаны проекты линии Кизляр — Астрахань, обеспечившей связь Кавказа с действующей сетью страны и Сызрань — Сенная, ставшей составной частью рокадного выхода к Сталинграду. По мере освобождения временно оккупированных районов и продвижения фронта на Запад проектно-восстановительные отделы Днепрогипротранса при Северо-Кавказской, Донецкой, Приднепровской, Одесской и Кишиневской дорогах обеспечивали разработку проектов восстановления разрушенных сооружений железнодорожного транспорта.

В 1943-1949 гг. по проектам института было произведено восстановление сотен километров главных и станционных путей с десятками больших мостов и путепроводов, локомотивных и вагонных депо, вокзалов, электростанций, насосных и водонапорных башен, котельных и других объектов железнодорожного хозяйства.

В послевоенный период институт разрабатывал комплексные проекты новых железных дорог, вторых путей, перевода на тепловозную и электрическую тягу грузонапряженных участков существующих линий, развития станций и узлов, реконструкции локомотивного и вагонного хозяйства, устройств автоматики, телемеханики и связи.

За более чем семидесятилетнюю историю института:

Построено 4051 км новых железных дорог в Украине, России, Средней Азии, Молдове. Среди них — важнейшие для страны линии Кизляр — Астрахань, Чарджоу — Кунград, Гурьев — Астрахань, Федоровка — Каховка — Снигиревка, Красноармейск — Павлоград — Новомосковск — Днепродзержинск, железнодорожные выходы из бассейна Кривого Рога, Обход Ростовского ж.д. узла.

Сооружено 3107 км вторых железнодорожных путей и двухпутных вставок. Основные из них на направлениях: Лозовая — Крым, Лозовая — Мариуполь, Ташкент — Урсатьевская, Орск — Оренбург — Новосергиевская, Пугачевск — Сенная, Гидростроитель — Хребтовая — Лена, Рощино — Выборг.

Построено и реконструировано около 4000 мостов, путепроводов и тонелей. Основные из них это большие мосты через реки Днепр, Урал, Самара, Чертомлык, Мокрая Московка, Северо-Крьмский канал, Недайвода, каналы Каховского водохранилища и другие.

Переведено на электрическую тягу 2664 км железнодорожных путей. Среди построенных объектов электрификации железных дорог особое значение имеют направления Приднепровье — Крым, Донбасс — Приазовье, бассейн Кривого Рога — Донбасс, Караганда — Моинты, Гидростроитель — Хребтовая — Лена, Рощино — Выборг.
Построено новых и реконструировано существующих более 120 железнодорожных вокзалов — в Ашгабаде, Днепропетровске, Херсоне, Феодосии, Джанкой, Керчи, Кривом Роге, Днепродзержинске, Яргоре, Новотроицке, Пятихатках, Мелитополе, Орске, Запорожье, Ургентах и других городах.